L’exploitation de ce service public a été confiée par contrat en 1976 à la Compagnie des Transports du Pays de Montbéliard. Aujourd'hui, la collectivité et son exploitant, Keolis Pays de Montbéliard, sont liés par un contrat de délégation de service public signé en 2000 pour une durée de 9 ans.
La CAPM a également en charge la mise en œuvre du plan de déplacements urbains validé en 2000. Celui-ci définit les grands principes de l'organisation des transports de personnes et de marchandises, de la circulation et du stationnement, sur le périmètre des 29 communes de la CAPM. Un des grands projets concerne la réalisation d'un réseau cyclable d'agglomération. Ce dernier est actuellement constitué de 57 km de pistes ou bandes cyclables. Le PDU est aujourd'hui en cours de révision afin de réajuster les projets en fonction des évolutions du contexte local, des besoins de la population en termes de déplacements et des objectifs de protection de l'environnement.